Que tal Didier
Si piensas en una arquitectura de 3 capas, algo que debería tener todo sistema como mínimo, se habla siempre de capa de presentación, dominio y persistencia, que traducido rápidamente se podría decir que en cada capa tendrás un "representante" (clase) de cada tema, es decir:
Si tienes algo que se encargue de mostrar información de usuarios, por lo menos tendrías una clase de "presentación" para manejar los usuarios, otra de dominio (donde está la verdadera lógica del sistema) y la de persistencia, que se encarará de recuperar y guardar temas relaciones con los usuarios.
Perfectamente podrías tener
UsuarioPresentacion.php, UsuarioDominio.php y UsuarioPersistencia.php (cada uno en una carpeta, lo que representará tus paquetes).
PD:
MVC sería como una variación especializada de 3 capas, lo que no quiere decir ni que exista paralelismo directo entre ambas ni que uno sea mejor que lo otro, simplemente distintos y para usos distintos.
Saludos!