Saludos.
Estos ya es un tema de php pero puedes manejarlo asi
Código PHP:
$var=str_repace(" ","%","juanito lopez soto"); // retorna juanito%lopez%soto
y no tendrias que modificar nada a la consulta
select nombre,paterno,materno, concat(nombre,' ',paterno,' ',materno) AS nombres
from empleados HAVING nombres like '%$var%'
Hasta Pronto!.