No me quedo muy claro como le haces, pero te voy a explicar el método que uso para borrar campos de una base de datos, te lo ejemplificare con un sistema de artículos.
1. Este sistema de artículos tiene un boton que, al darle click sale una alerta de que se borrara el artículo (como la alerta que tienes tu):
Código PHP:
<input type="button" value="Eliminar Registro" onClick="if(confirm('CONFIRMACIÓN: ¿Desea eliminar el registro?')) location='./borrar.php?id=<?=$datos['id']?>'">
Este boton, al confirmar, ejecuta el archivo borrar.php y se le incluye el ID del artículo que será borrado ?id=<?=$datos['id']?>
2. El archivo borrar.php contiene esto:
Código PHP:
if($_GET['id']) {
mysql_query("delete from TABLA where id='$_GET[id]'") ;
echo "Registro Borrado." ;
}
A mi me gusta usar el método GET porque se evitan muchos problemas al tratar de hacer scripts de este tipo, simplemente especificas la tabla y le indicas el id a borrar y listo
Es la forma más simple de borrar registros, a partir de ese sencillo código, puedes hacer cientos de cosas, en cuanto a borrar registros
Saludos.