Cerrar ventana al confirmar

[abimaelrc]

De la única forma como veo posible lograrlo es que abras ese código en una pantalla aparte. Ejemplo
a.html

Código HTML:

<script type="text/javascript">
function getPopup(){window.open('b.html','_blank');}
</script>
<input type="button" value="Pop-up" onclick="getPopup()" />
 

b.html

Código HTML:

<script type="text/javascript">  
alert("ERROR FATAL.");
self.close();  
</script>