Hola:
Según dices tienes puesto en tu código
Código:
<link href="welcome.css" rel="stylesheet" rev="stylesheet" type="text/css">
Sin embargo, tu mismo lo dices, la ruta no es correcta
Cita:
Iniciado por Navar 
Trabajo con codeigniter y el archivo css se encuentra en application/views/welcome.css
Ahora la pregunta es: ¿Cual es la ruta del HTML?
Saludos.
