Saludos!
Hay dos formas de hacerlo:
La primera es hacer una hoja de estilos aparte para las propiedades de CSS3 (Como las que estas usando) Y validar la hoja principal (Que sin las propiedades de CSS3 validará seguro) Y la segunda opcion que tienes es especificarle al validador W3C que estas usando CSS3.
Espero te sirva la informacion.
Hasta Luego!
