Puedes verifica donde el scaner guarda las imagenes e indica la ruta. Algo así:
Código PHP:
Ver original$url = 'C:/direccion/del/directorio/del/scanner/';
$nuevaUrl = 'directorio/donde/mover/la/imagen/';
$archivo = 'nombreDelArchivo.jpg';
// Puedes usar rename o move_uploaded_file también
copy($url.$archivo,$nuevaUrl.$archivo);