Yo uso tinyMCE y para casos que tengo que darle a elementos estilos CSS específicos utilizo el dropdown "Style". Para usar esto necesitas asociar una hoja CSS al editor y listar los estilos específicos (en este caso clases) que quieres que se ponga al elemento. Puedes ver el dropdown aquí:
http://juaniquillo.com/codigo/tinymce/jfilebrowser/
aunque va a hacer un mal ejemplo ya que no he asociado ninguna hoja CSS a ese editor.