Gracias por tu respuesta Abimaelrc...
Lo que he hecho es lo siguiente:
Código PHP:
<form name="form" method="post">
<input type="hidden" name="total_1" value="1000">
<input type="hidden" name="total_2" value="1000">
<script language="javascript">
function check(){
if(document.getElementById('total_1').value == document.getElementById('total_2').value){
document.form.submit.disabled = false;
}
}
window.onload = check;
</script>
<input type="submit" name="submit" value="aceptar" disabled="disabled" />
</form>
De tal manera que la lectura se haría inmediatamente después de cargar las variables en cada campo. Sin embargo, el botón está desactivado todo el tiempo.

... Alguna cosa puede estar fallando con el window.onload?