La pregunta es....
si se puede "sobreescribir" sólo una parte del archivo?
Edito:
Si es así, sí, se puede.
Código PHP:
$f = fopen($file,'r+'); //Abrimos el archivo
fseek($f,$pos) //Movemos el 'cursor' al punto deseado (un caracter antes de lo que deseas SOBREESCRIBIR
fwrite($f,'0');
fclose($f);
Más o menos, sería algo así.