Hola DEMIANFOX:
Si tienes una ventana abierta con unas dimensiones y en la misma ventana quieres poner otra cosa sin haberla cerrado, el nuevo contenido va aparecer con la ventana existenet y sus dimensiones...
Se me ocurren algunas soluciones...
... Cerrar la ventana que estuviera abierta antes de hacer el pop-up...
... redimensionar el pop-up...
... darle otro nombre a cada nueva ventana...
Si nada de esto te sirve, pon un ejemplo de tu problema, ya que puede que no te haya entendido bien
Saludos
