Finalmente he logrado convertir los archivos po a mo a través de código utilizando una librería de Pear llamada File_Gettext. Esta librería contiene la clase File_Gettext_PO, que a su vez tiene un método llamado "poFile2moFile" al que le pasamos como parámetros la ruta del archivo PO de origen y la ruta del MO de destino. Hay muy poca documentación al respecto pero resulta bastante sencillo una vez damos con esta clase.
Espero que esto le sirva a alguien de ayuda, y gracias por las respuestas.
Un saludo.
