Hola fijate que ejecute la sentencia así:
Código:
SELECT emp.nit_empresa, afi.nombre, gs.observacion,
FROM
afiliados afi
INNER JOIN empresas emp ON afi.id_empresa = emp.id_empresa
LEFT JOIN gestiones gs ON afi.id_afiliado = gs.id_afiliado
El INNER JOIN ya que todos los afiliados hacen parte de una empresa, y por otro lado el LEFT JOIN para que traiga las coincidencias y las que no serían null.
Pero ejecuto la consulta y se queda mucho tiempo ejecutandose y he esperado al menos 15 mins y no termina, la cantidad de afiliados igual es de 18.000, pero como la consulta se ejecuta sobre un servidor en producción se complica dejar la consulta mucho tiempo porque vuelve lentos algunos procesos.