Problema con document.ready

[diego11]

Hola a todos, vereis, estoy haciendo una aplicacion web en php, y en una pagina muestro una tabla con informacion, entonces al pasar por determinados campos de la tabla salia una ventana emergente (todo hecho con javascript). Luego fije las cabecera de la tabla y una columna, para que solo se desplazase la informacion sin perder referencia de lo que es cada cosa, y esto tambien usa javascript, el problema es, que si funciona una la otra no, y viceversa, y todo ello por la siguiente funcion:

$(document).ready(function(){
fnAdjustTable();
});

Si la dejo comentada funciona lo de fijar la cabecera y eso de la tabla, y si la descomento funcionan las ventanas emergentes pero la tabla se descuadra y cambia algo la apariencia.
¿Porque puede ser?

Muchas gracias.