Mira, Estamos manenando un sistema que corre sobre Joomla, pero como es un desarrollo a medida utilzamos una clase de logs que está hecha directamente por php
http://pear.php.net/package/Log/redirected
Ahora mirando en linux lo que he encontrado es que en linux dichos logs no están quedando escritos en el log de error si no que quedan en el mail del usuaro que los ejecuta y la unica manera de ver los logs en linux es por consola de Linux estando logueado como el usuaro que ejecuta el cron y corriendo # mail
No si esto ayuda a aclarar el tema., Muchas gracias por la ayuda