en ese caso lo que se me ocurre que hagas es hacer 2 conexiones, con la primera te traes los datos, y con la segunda guardas dichos datos en la segunda base de datos
Algo asi..
Código PHP:
//haces las conexiones ala base de datos 1
$consulta_extract=mysql_query("SELECT * FROM tabla WHERE alguna condicion");
$fila_extract=mysql_fetch_row($consulta_extract);
//haces las conexiones ala base de datos 2
$consulta_insert=mysql_query( "INSERT INTO tabla VALUES ('$fila_extract[0]','$fila_extract[1]','$fila_extract[2]'),... ");
Puede ser viable? nose bien cual es tu logica en el programa