Cita: que es recomendable usar en estos casos, realizar una conexion directa desde la web a la BD o crear algun paso intermedio???
Deberias hacer una evaluacion de la sensibilidad de la informacion, y en funcion de eso puedes decidir si quieres usar la base de datos original o una replica que se autoactualize cada 24 horas (por ejemplo).
Tienes que tomar en cuenta la seguridad, es probable que necesites un firewall.