Hola
Pejigo
Tomándomelo como un pequeño ejercicio de posicionamiento de elementos he realizado unos cambios en tu código y he formado una estructura que funciona en todos los navegadores y en todas las resoluciones (en las resoluciones bajas salen las barras de scroll y quedan ocultas en las altas). Los cambios los hice sólo en el index.html (no en las páginas siguientes) en una parcial captura de tu sitio.
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Saludos