Cita:
Iniciado por mdavila 
Podes si, lo que no podes es tener mismos proyectos con diferentes frameworks en el IIS, tenes que hacer pool de sitios en el IIS para eso.
Pero si podes ok, fijate que vas a tener que fundir los dos web.config con sus respectivas configuraciones.
Gracias por tu respuesta, voy aver si lo hago de esa forma.