también se me complico entenderte pero supongo que puedes hacer una pagina para tu intro flash y que al finalizar te redireccione a otra con tus contenidos a través de la etiqueta <meta>, por ejemplo:
<META HTTP-EQUIV="refresh" CONTENT="15; url=http://www.tuPagina.com">
Quiere decir que a los 15 segundos se redireccionara a tuPagina.com. Luego solo cambia el valor en segundos de acuerdo a la duracion de tu pelicula flash.
[+] mas informacion sobre la etiqueta meta
Aunque dices que tienes un problema para visualizar las capas en tu nueva pagina, podemos verlo si posteas el codigo.
Saludos!