Pues plantéate el uso de algo como esto:
http://www.pro.softonic.com/s/disco-inicio-antivirus
Ya sabes, te lo descargas en otro pc, creas el disco de arranque desde ese otro pc y luego metes el disco en tu pc, arrancas desde el disco (eso se configura en la secuencia de arranque de la BIOS, si es que no lo tienes ya preconfigurado en tu equipo de esta manera) y le pasas el antivirus.
Como se ejecuta desde la RAM, el virus que puedas tener no debería tocarle las narices. Suerte.