Por otro lado...
Si se puede "trocear" tu archivo .sql
Lo que hace es sencillamente crear la tabla (si se lo pides) y luego viene una serie de INSERT, uno para cada registro...
De tal forma que puedes abrir el archivo (notepad, o similar) y hacer cut y paste (justo antes del siguiente "INSERT") a nuevos archivos que puedes llamar parte1.sql, parte2.sql, etc...
De hecho la forma mas recomendable es cambiar el time limit, pero si por alguna razón no pudieras hacer eso... te queda el recurso de "trocear" como te lo he descrito...
Saludos!