No se que titulo poner...htaccess?

[principiantedelphp]

Hola a todos.
Mi archivo index.php lee de una base de datos aproximadamente 10000 enlaces, los cuales están paginados de a 10 enlaces (total: mil paginas).
Quiero que ahora, en mi index.php lea otra tabla, donde tengo 100 enlaces de alta calidad. Sería fácil (por que ya lo hice), el problema es que google me indexó ya las 1000 páginas y si, como me sucedió, tomo solo los 100 enlaces (unas 10 paginas), el resto de las paginas de google (990 exactamente) se redirigirán a index.php (aunque estas 990 ya no existan). Y esto, significa, lisa y llanamente, que google me puede penalizar por tener contenido duplicado.
No quiero usar cabeceras, porque eliminar paginas 404 en google, es todavía un arte.
Pienso que una opción sería crear un archivo index.html y redireccionarlo a otro llamado misitio.php. Luego a partir de éste, poder acceder al index.php y a los demás archivos del sitio.
Si alguien tiene otra solución mejor o mejorada, les agradezco realmente.