Gracias a todos lo que vieron pero no pudieron aportar, admito que no puse la información necesaria, pero no la puse porque obvie lo mas obvio valga la redundancia.
Aquí esta la solucion y ojala sirva para alguien mas.
Resulta que el <div id="script"></div> lo ponia siempre al final de la pagina en donde lo utilizaba, asi que como este cargaba de ultimo el JavaScript me daba un error porque cargaba la funcion antes de que cargara el el DIV.
No se si me di a entender pero es mas o menos asi.
Cita: <html>
.....
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llamo a ajax.js
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<div id="script"></div>
</html>
Entonces como vemos, el ajax.js esta primero que el div que voy a utilizar por ende me daba NULL el error porque todavia cuando el ajax.js se ejecutaba document.getElementById('script').innerHTML, el DIV no habia cargado aun.
Por lo que procedi a ponerlo de esta manera.
Cita: <html>
.....
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<div id="script"></div>
llamo a ajax.js
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</html>
Espero que le sirva a alguien esto. Gracias de todas maneras.