HOla!! Veamos, si le colocaste un div a contenido y otro div a pie de página, como asi quizás a las otras partes de tu página en general, es raro lo que te pasa, porque justamente lo que hacen estos es poder poner la información necesaria sin que estos se interpongan.
Si es que tenés todo hecho en div, probá agregando una nueva regla css al div pie de pagina.
Tipo selector: compuesto
Nombre selector: #piedepagina
y en la opción Cuadro: en CLEAR: both
esto ayuda a que el div o tenga ningún elemento al lado sino que este el solo en toda el área que pueda necesitar.
Espero que te ayude.
