Veamos... Mi experiencia me dice que usas Internet Explorer, donde 50% + 50% = 101%... Eso o hay otro problema que no estoy viendo... Quizá estés usando un margin, padding o border que aumente en por lo menos un pixel a ese 50%...
A falta de más datos, mi solución por ahora es que pongas un 49% en lugar de un 50%, y ver si eso lo soluciona. Suerte
