Facil.
Código PHP:
$link = conectar_local();
$link2 = conectar_servidor();
$qry1 = mysql_query($sql,$link);
$qry2 = mysql_query($sql,$link2);
while($arr1=mysql_fetch_array($qry1) {
$arr2=mysql_fetch_array($qry2);
$result = array_diff_assoc($arr1,$arr2); //Si $result (array) está en blanco, significa que todo lo de arr1 está en arr2
}