Muchas gracias! aunque lo tuve que hacer de un modo diferente. Cree una hoja de estilo donde le di el color rojo al span.
Al final me quedo asi:
Código PHP:
if($notas[$i][$p]<4){
echo "<td><span>".$notas[$i][$p]."</span></td>";
}else{
echo "<td>".$notas[$i][$p]."</td>";
Te pasaste men!