Hola Batu,
Quecomo hablando.
Seguramente ya habrás entendido que lo que hace ese trocito de tu .htaccess es redirigirte al index.php en caso de que no se especifica un archivo o directorio en la url a través del cual intentas acceder.
Entonces digo yo que si intentas acceder al login mediante tudominio/login es lógico que no puedes esperar otra cosa que ser llevado al index.php.
Supongo que usando tudominio/login/ si debería de funcionarte, o quizá algo como tudominio/login/algúnalgo.php.
Seguramente no te va a solucionar nada pero por comentarlo no pierdo nada, y por lo menos te he mandado mis saludos.
