Hola, si creo que lo mejor es una instalacion limpia.
Pero no creo que puedas instalar el Win 98Se en otra particion que no sea la primaria, si el W2K.
Sobre el Sistema Operativo te diria que si el equipo es para uso personal (no es un servidor o un puesto de trabajo de una empresa) creo que lo mejor es el Win 98 SE.
Ahora sobre el backup, si bien nunca lo vi, si dice que es para restaurar el sistema, pues lo hara. Sino lo que puedes hacer es utilizar el soft de copia de seguridad de tu sistema operativo, ya desde win 3.11 trae para hacer un backup completo, sistema, registro, archivos, etc, etc. No se que Sis. Op. tienes ahora.