Hola,
yo solucioné ese problema metiendo la animación en flash dentro de un div y luego dejé la propiedad z-index en 0:
Código HTML:
<div style="z-index:0;">...</div>
posteriormente le agregué a la animación el parámetro wmode:
Código HTML:
...<param value="transparent" name="wmode">...
...<embed wmode="transparent"... >
...
puedes verlo funcionar en
www.casimil.com, el thickbox está en el mapa
