Cristian, los archivos incluidos no son como los frames o iframes que deben contener todas las caracteristicas de un documento HTML, es decir, deben contener solamente el HTML que deseas integrar en la pagina (o el codigo PHP necesario para generarlo).
menu.php
Código PHP:
Ver original<ul>
<li>Opcion 1</li>
<li>Opcion 2</li>
<li>Opcion 3</li>
</ul>