Tenés un problema de comillas. Además, por razones de rendimiento, te sugiero que no uses el primer argumento de setTimeout como string sino como una referencia directa a la función a ejecutar:
Código:
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8" />
<title>Documento sin título</title>
</head>
<body>
<div id="espera">Colocar aquí el contenido para id "espera"</div>
<div id="continuar">Colocar aquí el contenido para id "continuar"</div>
<div id="tiempo">Colocar aquí el contenido para id "tiempo"</div>
<script type="text/javascript">
var t = 5;
setTimeout(contador, 500);
function contador() {
if (t != 1) {
t--;
document.getElementById('tiempo').innerHTML = t;
setTimeout(contador, 1000);
} else if (t == 1) {
tiempo();
}
}
function tiempo() {
document.getElementById('espera').style.display = "none";
document.getElementById('continuar').style.display = "block";
}
</script>
</body>
</html>