Así es, lo ideal es hacer un cron que se ejecute una vez al día por ejemplo.
Lo que veo que haría falta es un campo en el cual se introduzca la fecha de registro, si no no lo veo muy viable, y luego un script en php que:
Una consulta que seleccione todos los usuarios que estan inactivos.
Coja la fecha de hoy y calcule la diferencia.
Si es igual o mayor a 2, eliminar el registro completamente.
Saludos