Si ves en la ventana de capas (esa que pusiste por si tenias dudas

) el quinto botón de izquierda a derecha, en la parte de abajo, ese botón es para crear grupos de capas (o carpetas); si arrastras una capa a un grupo de capas quedará dentro de este y lo mismo si arrastras un grupo de capas a otro grupo de capas.
Saludos