Creo que necesitas hacer dos consultas:
Código PHP:
$miconsulta = "select SUM(puntos) as suma from tabla";
$total=$row["suma"];
$miconsulta2 = "select puntos from tabla where user=$user";
$total2=$row2["puntos"];
$porcentaje= 100/$total;
$porcentaje=$porcentaje*$total2;
Saludos