Chico, lo unico que se me ocurre es que leas el proceso
Código:
Process programa = Runtime.getRuntime().exec("cmd /c C:\\pepito.txt");
InputStream is = programa.getInputStream();
BufferedReader br = new BufferedReader (new InputStreamReader (is));
Y a base de br.readLine() ...
Saludos.
PD. Has mirado su exitValue??