Hola:
Verás, aunque no uses el tag tbody, los navegadores suelen ponerlo automáticamente. Así debe ser la estructura; así que cuando quieres referenciar a una fila, no basta con suponer que se trata de un nodo hijo directo de la tabla, en realidad es hijo directo del cuerpo de la tabla... otra forma, que tal vez sea más sencilla, es borrar los nodos tal como está en nuestras FAQs, o sea desde el propio nodo que se quiere borrar... por ejemplo, algo con id="borrar" sería:
borrando = document.getElementById("borrar");
borrando.parentNode.removeChild(borrando);
Es que solo se puede borrar un nodo referenciándolo desde su nodo padre.
Saludos
