Depende que tengas en mente con eso de hacer transiciones,dependiendo el programa que tengas.Cada programa tiene sus propios efectos de transicion y tambien existen los plug-in.
Aqui te dejo dos ejemplos de como hacer transiciones ya con una idea fija.
http://www.youtube.com/watch?v=1btfOMnPLL4 http://www.youtube.com/watch?v=qOj7PmyIOP8
y de plug-in de paga estan por ejemplo los de la empresa new blue
que los puedes usar con estos programas
Adobe After Effects 7.0 and higher
Transition Packages
Adobe Premiere 7.0 or higher, Premiere Elements 3.0 or higher, Premiere Pro
Apple Final Cut Pro Version 5.1 and higher, Final Cut Express version 3.5 and higher
Apple Motion
Transition Packages
Avid AVX 2 or higher NLEs, including: Media Composer, NewsCutter, Symphony and Xpress
Avid Liquid version 7.1 or higher
Corel(formerly Ulead) Video Studio 9 or higher
Pinnacle Studio versions 10 or higher
Sony Vegas Pro & Vegas Movie Studio 4 or higher (32-bit versions)
Sony Vegas Pro 8.1 & 9.0 or higher (64-bit versions)
Thomson Grass Valley (formerly Canopus) EDIUS version 4.6 or higher