Oye suena bastante confuso, pero porque no mejor agregas una tabla que relacione el medicamento con el parasito que contenga la siguiente estructura !
Código:
ID | ID_MEDICAMENTO |ID_PARASITO | LINEA_1 | LINEA_2
Linea 1 = Boolean.
Line 2 = Boolean.
Yo creo mi estructura de datos con sus respectivas claves foraneas y luego uso El plugin HibernateTools de eclipse para generar mis entidades.
PD: HibernateTools es una herramienta que debe tener todo aquel que implemente Hibernate, realmente me quito muchas horas de trabajo porque me genera todo en segundos...
Saludos.