Primero que nada, si "E" es para copias de seguridad lo mejor es que no lo montes automáticamente, ¿no te parece?
Pienso igual que AleSanchez, si las copias son de "usuario", la carpeta debería estar montada en /home/usuario/copias.
Cita: /media te crea automáticamente un acceso en el escritorio y /mnt no
Falso, el que crea los accesos directos es el proceso del escritorio que esté dedicado a esperar señales de hal/udev. Funcionaría igual si el sistema estuviese configurado para montar en /mnt.
En definitiva, es indiferente. Se trata solamente de un directorio, más allá de lo que pueda ser más apropiado desde el punto de vista "semántico" en cuanto a la estructura de directorios.
Saludos.