claro, en el momento del registro generas una clave aleatoria y la guardas en la base de datos
por ejemplo
luego al momento de enviar el email en el cuerpo del mensaje le envias una url con la clave aleatoria
ejemplo
para verificar esta cuenta presiona el siguiente enlace
http://www.mipagina.com/index.php?user=$nombre_usuario&clave=$clave_aleato ria
entonces cuando llegue a tu pagina verificas que clave es la que envio y buscas en la base de datos y cambias el estado a activo en ves de inactivo
saludos!