Es posible que el tiempo de ejecucion del script supere el permitido por PHP y por eso no te realiza la conversion. Por otra parte, es mejor ejecutar la conversion en segundo plano, de esta forma, en cuanto se recibe el archivo el usuario podra ver un mensaje que le avise "Hey, ya se subio, ahora lo estamos convirtiendo" y si cambia de pagina o hace alguna otra cosa, no se vera afectado el proceso.
Un ejemplo de como hacerlo en segundo plano:
http://www.forosdelweb.com/f18/aport...ground-732914/