Lo mas facil que puedes hacer es un archivo index.php que te redireccione a alguna pagina que tengas en tusitio/restringido/
O incluso hacer un index.php que te muestre el mensaje de restringido y copiarlo en cuantas carpetas quieras dejar restringidas.
En caso que necesites hacerlo para todos tus archivos y tengas Apache, puedes hacer un archivo .htacess alojado en la raiz de tu servidor que tenga la siguiente informacion:
Suerte!
