este codigo serviria si recorres cada fila y cada columna, si tenes baches no se va a respetar el orden, lo que podes hacer es recorrer el array $junto antes del implode y llenar los baches con "null"...
Código PHP:
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while(sql_query...){
...
$junto[fila*nrcolumnas+columna]=nombreposicion;
...
}
tenes otra forma tambien, pasas el array entero como un string a javascript y ahi procesas la string con eval por ejemplo...
incluso lo podrias hacer con subindices de esa forma.. $junto[fila][columna]=nombreposicion;
saludos