Hola
Segun te entiendo :
1. Quieres generar dinamicamente un xls desde PHP
2. Abrir el xls desde Excel para aplicar una formula a los datos, luego guardar el excel
3. Leer el ultimo excel con los nuevos datos e ingresarlos a una db
De preferencia, preferia estudiar la formula que estás aplicando y realizar el calculo desde el PHP, pero si deseas pasar por excel te pueden servir los siguientes articulos.
1.-
Generación de Planillas Excel desde PHP
2.-
Leer datos de planillas excel en PHP
Como puedes ver, el primer articulo te ayuda a crear un archivo excel desde php, mientras el segundo te enseña a leer los datos de un excel desde php.
Saludos.