Uso VisualStudio2008.
Las soluciones que vienen de ejemplo con la sdk, son de la versión VisualStudio2005.
La carpeta c:\program files\microsoft sdks\windows\v6.0a yo diría que se instala junto con el VisualStudio2008 ya que tienen la misma fecha de creación y modificación (22/08/2009).
En cuanto a las recomendaciones, no te sabría decir. Como te digo, es la primera vez que me enfrento a un proyecto desarrollado en C++. Donde suelen venir las recomendaciones de las que hablas? Es por si las puedo mirar y seguir avanzando.
Te agradezco mucho la ayuda CalgaryCorpus