Que tal Fernarey,
Como te comentan los colegas, no es así cómo trabaja PHP. En sí, independientemente si hablamos de clases o programación estructurada, si incluyes los fuentes con un require / include, PHP los "concatena" como si fuera un único archivo y luego lo ejecuta, por lo que en los hechos no existe forma de que no los incluya o incluya parcialmente.
De todas formas, PHP es muy óptimo para este tipo de procesamiento, pero si quieres probarlo, puedes generar distintas versiones de clases y verás que no notarás cambios medibles. Generamente el "cuello de botella" lo vamos a tener en el acceso a disco, y en la mayoría de los casos vamos a estar hablando de base de datos. Si tus clases levantan constantemente información de la base de datos, ahí será más razonable poner el foco en la revisión de los recursos... pero "optimización extrema", cambiar la forma de codificar, o usar un for por un foreach, etc, es una pérdida de tiempo en el 99% de los casos.
Saludos!