Te paso tu código revisado, mira los comentarios que incluí, maquetar maqueta bien (ahora), pero no se si funcionara lo de ocultar (para eso me faltaría ver la definición de las clases CSS). Saludos.
Código HTML:
Ver originalfunction cambiaEstilo(IdObjeto)
{
if(document.getElementById(IdObjeto).className=="invertir")/* habia un espacio en el nombre de la clase, decia 'i nvertir' */
document.getElementById(IdObjeto).className='estandar';
else
document.getElementById(IdObjeto).className='invertir';
}
<table width="65%" border="0" cellspacing="1" cellpadding="0" align="center"> <td valign="bottom" class="h01" colspan=2>MOTIVOS ACEPTACION ANALISTA
</td> <td valign="bottom" class="cel01" width="9%" align="center">CODIGO
</td> <td valign="bottom" class="cel01" width="81%" align="center">ANALISTA
</td><!-- ojo que 9%+81%=90% de la tabla que a su ves es el 65% del body (o de lo que la contenga) --> for(i=1;i<4;i++)
{
document.write("<tr id='LineaMotivoAceptacionAnalista"+i+"' style='display:'>");/* 'display:block'? corresponde table-cell, lo dejo en blanco por que no se que habra en el CSS */
document.write("
<td colspan=2 class='invertir'>");
document.write("
<input type='checkbox' onclick='cambiaEstilo(\"LineaMotivoAceptacionAnalista"+i+"\");' class='input01' name='CheckMotivo"+i+"' >");/* habia un espacio en el nombre de la clase, decia 'LineaMotivoAceptacionAnali sta' */
document.write("AA ");
document.write("0"+i+" ");
document.write(" ");/* habia un espacio dentro de una de las entidades */
// document.write(MotivosAceptacionAnalista(i));/* comento esta linea porque no nos pasaste el código de esta funcion */
document.write("
</td>");/* decia '
<td/>', el elmento TD no es de modelo de contenido vacio y esta es una etiqueta de cierre */
document.write("
</tr>");/* idem arriba */
}