Primero tendras q ver si tu servidor te deja acceder a archivos remotos usando direcciones tipo "URL" ..
Eso lo determina la directiva de PHP sobre:
allow_url_fopen
(en safe-mode está desactivada .. por ejemplo)
Lo ideal si están esos archivos q vas llamar en tu mismo servidor .. usa direcciones Absolutas en relación al sistema de archivos del servidor ..
Algo tipo:
include("/var/nosedonde/tusitio/htlm/includestuyos/cosa.php");
(eso sería para linux .. en windows c:\tal\tal\pascual\cosa.php ...)
Desventajas tendrá (supongo

) que al hacer un include por un "wrapper" (HTTP, FTP .. etc) se ha de conectar al servicio q se use con el tiempo consiguiente y luego hacer la operación correspondiente .. Si accedes directo a una ruta absoluta se supone q tardaría menos tiempo.
Un saludo,